要在输出 PDF 中设置目录导航，可以使用 Adobe Acrobat 或一些第三方 PDF 编辑软件。

以下是在 Adobe Acrobat 中设置目录导航的步骤：

1. 打开 Adobe Acrobat：

  1.1. 启动 Adobe Acrobat 应用程序。   

  1.2. 打开需要设置目录导航的 PDF 文件。

2. 创建目录：

  2.1. 点击顶部菜单栏的“编辑”选项。   

  2.2. 在编辑菜单中，选择“书签”＞“新建书签”。   

  2.3. 在弹出的对话框中，为目录输入一个名称，然后点击“确定”按钮。

3. 添加目录项：

  3.1. 在文档中找到需要添加到目录的页面，点击鼠标左键选中该页面。   

  3.2. 回到书签面板，点击新建的目录项，然后点击“添加”按钮。   

  3.3. 重复步骤 3.1 和 3.2，直到添加所有需要的页面。

4. 设置目录格式：

  4.1. 书签面板中，选中刚刚创建的目录。   

  4.2. 调整目录的字体、字号、颜色等格式设置。   

  4.3. 确认设置后，点击“应用”按钮。

5. 生成目录导航：

  5.1. 在书签面板中，点击您创建的目录。   

  5.2. 选择“编辑”＞“链接到”＞“页面”。   

  5.3. 在弹出的对话框中，选择要链接到的页面，然后点击“确定”按钮。

6. 保存 PDF 文件：

  6.1. 完成目录导航设置后，点击“文件”菜单，选择“保存”以保存更改。

通过以上步骤，已在 PDF 文件中设置了目录导航。